ขีปนาวุธพิสัยกลางเอสเอส-3 ลูกแรกมาถึงในคืนของวันที่ 8 กันยายนและตามมาด้วยลูกที่สองในวันที่ 16 กันยายน ทางโซเวียตได้สร้างฐานยิงขีปนาวุธขึ้นมาเก้าแห่ง หกแห่งสำหรับขีปนาวุธเอสเอส-4 และอีกสามฐานสำหรับขีปนาวุธเอสเอส-5 ซึ่งมีพิสัยการยิงที่ 4,000 กิโลเมตร ตามแผนแล้วจะมีฐานยิงทั้งสิ้น 40 แห่งซึ่งเพิ่มขึ้นจากการโจมตีครั้งแรกถึง 70% ประชาชนของคิวบาได้รับรู้ถึงการมาของขีปนาวุธ โดยมีการรายงานกว่าพันครั้งที่ส่งไปถึงไมอามี่ซึ่งหน่วยข่าวกรองของสหรัฐคิดว่ามันเป็นเรื่องหลอกลวง[8]

ในวันที่ 7 ตุลาคมประธานาธิบดีของคิวบาออสวัลโด ดอร์ติกอสได้กล่าวในการประชุมว่า "หากพวกเราถูกโจมตี เราก็จะทำการป้องกันตนเอง ข้าพเจ้าขอย้ำว่าเราจะป้องกันตัวเองด้วยอาวุธหากหลีกเลี่ยงไม่ได้ อาวุธที่เรานั้นไม่อยากจะมีและไม่อยากจะใช้มัน" ปัญหามากมายนั้นแปลว่าสหรัฐยังหาขีปนาวุธเหล่านั้นไม่เจอจนกระทั่งถึงวันที่ 14 ตุลาคม เมื่อเครื่องล็อกฮีด ยู-2 ได้ทำการบินสอดแนมและถ่ายภาพบริเวณก่อสร้างฐานยิงเอสเอส-4 ได้จากซาน คริสโตบัลทางตะวันตกของคิวบา